Dans Tom Clancy’s Rainbow 6 Patriots, l’équipe Rainbow doit faire face à une nouvelle menace: les "True Patriots", un groupe révolutionnaire surentrainé et très organisé qui affirme que le gouvernement Américain est corrompu au profit de grandes multinationales. Les True Patriots sont prêts à tout pour prendre le contrôle de leur pays. Dans la peau d’un Rainbow, les joueurs devront faire face à des scénarios critiques qui les obligeront à faire des choix moraux et éthiques particulièrement complexes afin de mettre fin à ce nouveau type de terrorisme.